Pendant que le HMS Beagle s’arrêtait au port de St. Julian en Patagonie, Charles Darwin recueillit des fragments d’os qu’il avait provisoirement identifiés comme appartenant à "un grand animal, j’ai l’impression d’un Mastodon". Mais une fois que l'os de la jambe et des morceaux de colonne vertébrale sont rentrés en Angleterre, une étude ultérieure a révélé que l'animal était une créature totalement différente, ressemblant à un énorme chameau ou à un lama avec un long cou et un nez tombant en forme de tapir. L'anatomiste Richard Owen l'a appelée Macrauchenia patachonica .
Au cours de son voyage, Darwin a également découvert Toxodon platensis, qui avait le corps d’un rhinocéros lourd, le visage d’un hippopotame et les dents d’un rongeur. Ces animaux étranges du Pléistocène étaient fascinants, mais jusqu'à récemment, personne ne savait exactement où les placer dans l'arbre généalogique des mammifères, rapporte Jo Marchant pour Nature News . C'étaient des ongulés - une partie du grand groupe d'animaux à sabots qui contient des chevaux, des cochons, des cerfs et des hippopotames. Mais ressemblaient-ils davantage à des éléphants et des aardvars africains ou à des tatous et des tatous d'Amérique du Sud? Des méthodes encore plus récentes de construction d'arbres généalogiques d'animaux utilisant l'ADN ne pourraient rien faire: les os ne contenaient pas assez d'ADN pour être analysés.
Mais, a réalisé une équipe de recherche, les os contenaient des faisceaux de protéines structurées, le collagène, présent dans la peau, les tendons et le tissu musculaire. Une analyse détaillée du collagène prélevé sur les os de ces anciens ongulés a apporté la réponse. Marchant écrit:
L'équipe a d'abord construit un arbre généalogique en collagène, qui établit les séquences de collagène de différents mammifères sur la base de leurs relations familiales. Les chercheurs ont dû extraire et séquencer le collagène de tapirs, d’hippopotames et de varicelles pour constituer leur image. Ils ont ensuite séquencé le collagène de quatre spécimens d'ongulés de deux musées différents en Argentine - deux spécimens de Toxodon datant d'environ 12 000 ans et deux Macrauchenia non datables au carbone - et ont comparé les anciennes protéines à leur arbre.
Les deux énormes animaux appartiennent au même groupe que les chevaux, les tapirs et les rhinocéros, appelés Perissodactyla. Macrauchenia, semblable à un lama, et Toxodon, semblable à un rhinocéros, ont maintenant un foyer taxonomique. Les chercheurs ont publié leurs découvertes dans Nature .
Le succès de l’équipe n’est peut-être pas le seul possible grâce à l’analyse de protéines anciennes. Les outils actuels sont plus efficaces que jamais pour extraire des fragments de protéines d'anciens échantillons et les mesurer. Marchant écrit:
Les protéines pourraient également être utiles pour étudier les espèces disparues qui vivaient plus récemment dans des environnements plus chauds où les études d'ADN sont difficiles: ce que [le bioarchéologue Matthew Collins de l'Université de York, Royaume-Uni] décrit comme des animaux «étranges et merveilleux» aux alentours du Pléistocène supérieur, de les éléphants nains et les énormes rongeurs de l'île indonésienne de Flores aux lézards géants et aux kangourous d'Australie.
Pour déterminer les lignées d'animaux récemment disparus, Collins affirme qu'une analyse de protéines anciennes "pourrait vraiment faire basculer le bateau".
