Qu'ont en commun les régimes des éléphants, des zèbres, des antilopes et des vaches? La plupart répondraient correctement que tous ces animaux mangent des plantes. Mais selon l'analyse de haute technologie de leur merde, c'est là que finissent les similitudes. Selon une étude publiée cette semaine dans les Actes de la National Academy of Sciences, les herbivores africains ont des aliments préférés étonnamment différents.
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Cette étude n'a permis de répertorier que ce que les animaux mangeaient, et non les plantes indispensables au maintien de leur santé. Les scientifiques ne peuvent donc pas encore affirmer avec certitude si l'élimination d'une espèce de plante donnée aurait un impact significatif sur les herbivores concernés. Forts de ces connaissances, les gestionnaires de la faune peuvent toutefois s’assurer que les efforts de protection des animaux incluent également la protection de leurs types préférés d’herbe, de feuilles ou de broussailles, ce qui, espérons-le, contribuera à conjurer la tourmente écologique.
«Lorsque je parle à des non-écologistes, ils sont stupéfaits d'apprendre que nous n'avons jamais vraiment eu une idée précise de ce que tous ces charismatiques grands mammifères mangent réellement dans la nature», déclare Tyler Kartzinel, associé de recherche postdoctorale à l'Université de Princeton. auteur de l'article. "Ce que nous montrons, c'est que les différences alimentaires entre les espèces sont bien plus grandes que tout le monde ne l'a supposé."
Pour arriver à ces résultats, Kartzinel et ses collègues de Princeton et de la Smithsonian Institution se sont rendus au Centre de recherche et de conservation Mpala au Kenya. Ils se sont concentrés sur sept espèces représentant 99% de la grande population d'herbivores sur leur site d'étude, notamment les éléphants, les zèbres des plaines, les zèbres de Grevy, les impalas, le buffle du Cap, une minuscule antilope appelée le dik-dik et le bétail domestique.
Il était difficile de déterminer ce que ces animaux mangent à l'état sauvage - les chercheurs ne pouvaient pas les suivre et rassembler tout ce qu'ils mettaient dans la bouche, le tronc ou le museau. «Ces animaux sont difficiles et dangereux à observer de près», déclare Kartzinel. «Ils se déplacent sur de longues distances, ils se nourrissent la nuit et dans des broussailles épaisses, et bon nombre des plantes dont ils se nourrissent sont assez petites.»
Pour surmonter l'obstacle d'observation, l'équipe s'est tournée vers une méthode développée il y a plusieurs années et appelée le métabarcodage de l'ADN, essentiellement une méthode de haute technologie pour l'analyse d'échantillons de fumier. Le métabarcodage de l'ADN identifie les gènes de la nourriture digérée trouvée dans les matières fécales, puis associe ces séquences à une base de données de plantes, identifiant les dernières traces de l'animal au petit-déjeuner. «Nous avons passé beaucoup de temps au Kenya à regarder les animaux par la fenêtre de leur voiture, en attendant qu'ils défèquent», explique Kartzinel. "Quand ils l'ont fait, nous nous sommes précipités dehors, avons pris un échantillon et l'avons rapporté au laboratoire."
Sur la base d’une analyse de près de 300 échantillons de selles, l’équipe a constaté que les régimes alimentaires des sept espèces étaient tous très différents. Même les deux espèces de zèbres - les animaux les plus proches et ceux dont les plages se chevauchent - avaient des favoris très différents. Au total, les deux espèces de zèbres regroupent environ 45 espèces de plantes, mais 15 espèces diffèrent de manière significative entre leurs régimes: 10 sur la liste des favoris du zèbre de Grevy et cinq sur celle des zèbres des plaines. «Cela ne semble peut-être pas beaucoup au début, mais c'est un tiers de tous les types d'aliments que nous avons détectés dans le régime alimentaire de l'une ou l'autre espèce», déclare Kartzinel.
Les résultats aident à expliquer comment il est possible que tant de grands animaux phytophages puissent coexister dans la savane africaine. Les résultats ont également des implications importantes en matière de conservation, montrant que la diversité animale dépend probablement de la diversité des plantes - une pièce du puzzle de la gestion de la faune sauvage qui était jusqu'à présent mal comprise. «L'écologie a suscité beaucoup d'angoisse face au fait que nos modèles échouent souvent et que les résultats expérimentaux ont tendance à ne pas être identiques de temps en temps et d'un endroit à l'autre», déclare le co-auteur de l'étude, Robert Pringle, également à Princeton. "Nous finissons par faire des approximations simplificatrices, et celles-ci peuvent parfois être très trompeuses."
Comme le montre cette étude, la nouvelle méthode de métabarcodage de l’ADN «nous permet d’être précis là où nous étions auparavant flous», poursuit Pringle, en racontant une histoire plus détaillée de qui mange quoi dans la savane.
