Au fond du pergélisol sibérien, à près de 20 mètres sous le sol gelé, il était resté en sommeil pendant des siècles et des siècles. Au-dessus du sol, les glaciers se sont retirés, d'anciens humains sont arrivés et, finalement, la civilisation s'est développée.
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Maintenant, il a été décongelé et réactivé, grâce à une équipe de scientifiques français. C'est un virus, et sa résurrection de zombies montre que les microbes peuvent persister beaucoup plus longtemps que les scientifiques ne l'avaient imaginé auparavant.
Pendant des dizaines de milliers d'années, le virus est resté entièrement congelé. Cependant, le microbe n'était pas tout à fait mort, en partie parce qu'aucun virus, selon les normes de la biologie, ne peut être décrit comme vivant. Tous les virus ont besoin de cellules hôtes pour se reproduire et, entre les cycles de reproduction, ils persistent sous forme de particule inerte appelée virion, à peu près analogue à la graine d'une plante.
En 2000, les scientifiques, dirigés par Jean-Michel Claverie et Chantal Abergel de l'Institut méditerranéen de microbiologie, sont arrivés à Anyuysk, une ville reculée de la région de la Tchoukotka en Sibérie, à la recherche de nouveaux virus dans des environnements auparavant inexplorés. Il avait déjà été supposé (et prouvé depuis) que des organismes pourraient être congelés pendant des dizaines de milliers d'années, puis reconstitués avec succès, de sorte que les chercheurs se sont enfoncés profondément dans un affleurement de terrain gelé en permanence le long des rives de la rivière Anuy. pour certains.
La région de la Tchoukotka, en rouge, où les scientifiques ont échantillonné le pergélisol. (Image via Wikimedia Commons / Marmelad) Ils ont manipulé le noyau de sol gelé qu'ils ont extrait avec un soin extrême, en enduisant sa surface extérieure avec de l'alcool à brûler pour éliminer la contamination, puis en extrayant un échantillon minuscule de sol de son centre et en le stockant dans un sac stérile. À l'aide de la datation au radiocarbone, les scientifiques ont déterminé l'âge du sol entre 34 000 et 37 000 ans.
Les années ont passé et les scientifiques ont finalement analysé l'échantillon, avec d'autres. Plus de dix ans plus tard, ils ont finalement annoncé qu’ils avaient effectivement trouvé un virus viable dans l’échantillon de pergélisol - et c’est beaucoup plus inhabituel que prévu.
"Nous avons deviné que les virions pourraient rester infectieux au moins aussi longtemps", explique Claverie. "La surprise vient plus du fait qu'il s'agissait d'un virus géant et d'un type totalement différent des précédents (modernes)."
Jusqu'en 2003, on pensait que tous les virus étaient minuscules - complètement invisibles au microscope optique standard et d'une fraction de la taille de la plupart des cellules bactériennes. Depuis, plusieurs virus géants ont été découverts, notamment des pandoravirus, découverts par Claverie et Abergel dans un échantillon d'eau prélevé au large de la côte chilienne, qui avait un record de taille avec une longueur d'environ un micromètre ou un millième de millimètre.
Mais leur nouveau virus, Pithovirus sibericum, décrit dans un article publié aujourd'hui dans Actes de l'Académie nationale des sciences, a une longueur étonnante de 1, 5 micromètre, entre 10 et 100 fois la taille du virus de taille moyenne. Au microscope, il est facilement visible sous la forme d’un ovale bordé d’une enveloppe noire sombre avec un bouchon perforé à la fin, de la taille d’une cellule bactérienne.
Vues microscopiques détaillées du virus: A se concentre sur son bouchon perforé; B montre une coupe transversale, la flèche pointant vers une structure tubulaire au centre; C montre une vue de dessus de la fiche; D montre une vue de dessous de l'extrémité opposée du virus. (Image reproduite avec l'aimable autorisation de Julia Bartoli et Chantal Abergel, IGS et CNRS-AMU) Il ne présente aucun danger pour l'homme, car il infecte exclusivement des organismes unicellulaires appelés amibes, découverts par les scientifiques en relançant le microbe sous forme de virion inerte en le réchauffant et en le plaçant dans une boîte de Petri contenant des amibes vivantes. Une fois rétabli, le virus est entré dans les cellules des amibes, a détourné la machinerie métabolique des cellules pour créer de nombreuses copies de lui-même et a ouvert les cellules, les tuant et se libérant pour infecter d'autres cellules.
Les virus géants connus auparavant infectent également les amibes, probablement à cause de la facilité avec laquelle ils sont introduits. Les amibes se nourrissent par phagocytose, en utilisant leurs membranes cellulaires pour engloutir les particules et les organismes; pour qu'un virus géant pénètre dans une amibe, il lui suffit de se laisser engloutir. Parce que la plupart des cellules humaines et animales n'engouffent pas les particules de cette manière, les virus qui nous infectent doivent généralement utiliser des méthodes d'entrée plus complexes, qui interdisent une taille aussi énorme.
Pour les scientifiques, l’aspect le plus important de cette nouvelle découverte est ce qu’ils ont découvert en isolant l’ADN du virus et en séquençant ses gènes. "La taille de son génome est beaucoup plus petite que prévu de la taille de la particule, seulement 500 gènes, " dit Claverie, "où les deux autres familles de virus géants ont plus de mille." De plus, le processus de réplication du nouveau virus est beaucoup plus semblable à celui d'un virus de taille standard plutôt que des autres virus géants, ce qui a conduit Claverie à le décrire comme une sorte de "pont" entre les virus géants et les virus traditionnels.
Jusqu'à présent, les deux familles de virus géants découvertes (mégavirus et pandoravirus) étaient très similaires sur le plan génétique. Les chercheurs expliquent que la découverte d'un virus géant radicalement différent dans un échantillon de pergélisol sélectionné au hasard indique que les virus géants sont beaucoup plus répandus et plus diversifiés qu'on ne le pensait auparavant.
Il y a aussi le fait que ce virus a survécu pendant au moins 30 000 ans dans un sol gelé. Étant donné que les virus ne participent pas à la plupart des activités autonomes de toutes les formes de vie (ils ne mobilisent pas l'énergie pour réguler leur propre métabolisme, par exemple), il semble probable qu'ils puissent survivre beaucoup plus longtemps dans un état inerte. que toute forme de vie. Si la seule limite est la durée pendant laquelle leur ADN peut persister, il est possible qu'ils puissent survivre plusieurs millions d'années avant d'être irrémédiablement endommagés par la radioactivité naturelle de la Terre. Claverie et Abergel prélèvent actuellement des échantillons de couches de sol gelé plus anciennes afin de rechercher des virus encore plus anciens.
Mais même si ce virus ne pose aucun risque pour la santé humaine, sa découverte soulève des questions inquiétantes. "[C'est] une bonne démonstration que l'idée selon laquelle un virus pourrait être" éradiqué "de la planète est totalement fausse et nous donne un faux sentiment de sécurité", a déclaré Claverie. Dans les régions arctiques et subarctiques, "l'exploitation minière et les forages impliquent de créer des colonies humaines et de creuser à travers ces anciennes couches pour la première fois depuis des millions d'années. Si des virions viables existent toujours, il s'agit d'une bonne recette pour le désastre".
