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Casser le code ADN

L’équipe d’expédition ne s’attendait pas à ce que l’eau soit aussi haute ni le dernier tronçon de l’itinéraire prévu traversant un étroit chenal infranchissable. Les scientifiques doivent traverser un pont grossier de branches tombées pour se rendre à la pointe sud-est de l'île et commencer à collecter des spécimens.

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"Nous nous trouvons essentiellement dans une forêt tropicale", a déclaré le botaniste John Kress. Dans la chaleur étouffante, il a retroussé les manches de sa chemise blanche. Il attrape une petite branche d'arbre et rapproche ses fleurs bordeaux. "J'ai l'impression d'être au Costa Rica", dit-il.

Un sifflement aigu sort de la forêt. Le collègue de Kress, le botaniste Dave Erickson, demande en plaisantant s'il s'agit d'un singe hurleur vivant en Amérique centrale et en Amérique du Sud.

"C'est ce que vous voulez, " dit Kress.

Plummers Island, une masse continentale en forme de larme dans la rivière Potomac, située à un peu plus de quinze kilomètres du bureau de Kress au Musée national d'histoire naturelle de Smithsonian, est à peu près aussi vierge et aussi improbable que Washington, DC Beltway. Appartenant au Service des parcs nationaux depuis 1961, Plummers est également l’île la plus étudiée en Amérique du Nord. Et, grâce à Kress et à ses collègues, il s'agit du premier site au monde à coder les codes-barres de ses 250 espèces de plantes.

Le code-barres ADN, une idée originale du généticien canadien Paul Hebert, est calqué sur le code universel des produits (CUP) figurant sur les emballages de produits de consommation. Chaque CUP porte un numéro désignant le fabricant (par exemple, une entreprise de boissons sans alcool) et un identifiant de produit spécifique (régime alimentaire, sans caféine, etc.). Hebert a trouvé un segment d'ADN animal commun à toutes les espèces (code de fabrication) et suffisamment varié pour permettre la distinction entre les espèces animales (identificateur de produit). Mais les chercheurs ont eu du mal à trouver un segment d'ADN standardisé pour la vie végétale.

Depuis cinq ans, l'équipe de recherche de Kress a recueilli des échantillons de toutes les espèces de plantes de l'île de Plummers. Ensuite, dans un laboratoire de botanique, Erickson et d’autres ont déterminé la séquence d’ADN de chacun. À partir de là, ils ont identifié trois zones génétiques - deux gènes et un "espaceur intergénique" entre gènes - qui pourraient collectivement distinguer les plantes. Avec d'autres botanistes, Kress et Erickson sont en train de procéder à un processus formel pour obtenir l'approbation des marqueurs en tant que code à barres standard. Kress espère être officiellement accepté d'ici un an par le Consortium for Barcode of Life, un projet créé en 2004 pour compiler une bibliothèque de référence de codes.

Jusqu'à récemment, les taxonomistes avaient besoin des fleurs ou des fruits d'une plante pour la classifier, ce qui signifiait qu'ils devaient collecter des échantillons à des moments précis de l'année. Mais avec les codes à barres ADN, ils peuvent utiliser n'importe quelle partie de la plante - graines, écorce, racines ou feuilles - pour l'identifier.

"Mais le principal avantage est que vous ne serez pas obligé d'être un expert", déclare Kress. Dans un avenir pas si lointain, même les écoliers seront en mesure d'identifier les plantes avec des séquenceurs d'ADN portatifs. Ils pourraient ensuite télécharger les codes à barres via des smartphones vers une encyclopédie en ligne contenant des informations de base sur les espèces, l'art botanique et des informations anecdotiques. La Food and Drug Administration pourrait utiliser des codes à barres pour tester les suppléments à base de plantes; Le service des douanes et de la protection des frontières des États-Unis pourrait l'utiliser pour identifier les importations suspectes.

Erickson a également trouvé de l'ADN de plante dans les entrailles de dix ordres d'insectes différents de l'île de Plummers. Il veut mieux comprendre quels insectes sont des spécialistes, c'est-à-dire qu'ils mangent certaines espèces de plantes et des généralistes, qui mangent à peu près n'importe quoi.

"Je suis une trouvaille et une sorte de gars", dit Erickson, transformant une insulte botanique en vantardise. Kress, un végétarien, leva les yeux au ciel avec un dégoût feint.

"Vous n'êtes certainement pas un spécialiste", taquine Erickson, déposant une chenille vert vif dans un minuscule sac à échantillons. "Tu es un généraliste. Je t'ai vu manger."

Les botanistes John Kress et Dave Erickson ont passé cinq ans à collecter et coder à l'aide de codes à barres les séquences d'ADN des 250 espèces de plantes de Plummers Island. (Stephen Voss) Dave Erickson, botaniste, a déclaré à propos d'un projet de code-barres de 250 espèces végétales sur l'île de Plummers. (Stephen Voss) Les codes à barres ADN sont calqués sur le code universel de produit (CUP) figurant sur les emballages de produits de consommation. (Stephen Voss)
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